КОНТРОЛЬНІ ЗАПИТАННЯ. 1. Дайте визначення кодона і відкритої рамки зчитування

1. Дайте визначення кодона і відкритої рамки зчитування. Скільки існує кодонів? Які позиції нуклеотидів у складі кодона є найбільші найменш визначальними?

2. Що таке ген?

3. Що таке геном? У чому полягає найсуттєвіша відмінність між геномами про- та еукаріотів?

4. У чому полягає перекриття генів у вірусів та еукаріотів?

5. Дайте визначення інтрона і екзона.

6. Яка різниця між кластером генів і опероном?

7. Назвіть основні типи послідовностей ДНК, що повторюються.

8. З яких елементів складається нуклеосома? Яке місце в її структурі належить білкам? Як організована у просторі ДНК у нуклеосомі?

9. Які взаємодії стабілізують нуклеосому? За яким принципом відбувається збирання нуклеосоми?

10. У чому полягає механізм позиціювання нуклеосом відносно послідовності ДНК?

11. Назвіть основні типи посттрансляційних модифікацій гістонів. Які амінокислотні залишки піддаються модифікаціям? В яких частинах молекул гістонів ці залишки розташовані?

12. Як організована хроматинова фібрила у просторі? За яким основним механізмом фібрила піддається компактизації? У чому полягає роль гістону Н1?

13. Що таке ядерний матрикс і яку участь він бере в організації хроматину в клітинному ядрі?

РЕКОМЕНДОВАНА ЛІТЕРАТУРА

1. Akey, C.W., Luger K. Histone chaperones and nucleosome assembly// Curr. Op. Struct. Biol. – 2003. – Vol. 13. – Р. 6 – 14.

2. Bednar, J., Horowitz, R.A., Grigoryev, S.A. et al. Nucleosomes, linker DNA, and linker histone form a unique structural motif that directs thehigherorder folding and compaction of chromatin // Proc. Natl. Acad.Sci. USA. – 1998. – Vol. 95. – Р. 14173 – 14178.

3. Brown T.A. Genomes. – New York ; London: Garland Science, 2002.

4. Chromatin structure and gene expression: frontiers in molecular biology/ eds. S. Elgin, J.L. Workman.– Oxford: Oxford University Press, 2002.

5. Chromatin structure and dynamics: stateoftheart. New Comprehensive Biochemistry / eds. J. Zlatanova, S.H. Leuba. Amsterdam : Elsevier,2004. – Vol. 39.

6. The ENCODE Project Consortium. Identification and analysis offunctional elements in 1 % of the human genome by the ENCODE pilotproject // Nature. – 2007. – Vol. 447. – 799 –816.

7. Gerstein, M.B., Bruce, C., Rozowsky, J.S. et al. What is a gene, postENCODE? History and updated definition // Genome Res. – 2007.– Vol. 17. – Р. 669 – 681.

8. Gruenbaum, Y., Margalit, A., Goldman, R.D. et al. The nuclear laminacomes of age // Nat. Rev. – 2005. – Vol. 6. – Р. 21 – 31.

9. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencingand analysis of the human genome // Nature. – 2001. – Vol. 409. – Р. 860 – 921.

10. International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing theeuchromatic sequence of the human genome // Nature. – 2004. – Vol. 431. – Р. 931 – 945.

11. Koonin, E.V. How many genes can make a cell: the minimalgenesetconcept // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. – 2000. – Vol. 1. – Р. 99 – 116.

12. Lesk, A.M. Introduction to bioinformatics. – New York: Oxford University Press, 2002.

13. Luger, K., Richmond, T. J. DNA binding within the nucleosome core// Curr. Op. Struct. Biol. – 1998. – Vol. 8. – Р. 33 – 40.

14. Simpson, R.T. Nucleosome positioning: occurrence, mechanisms, andfunctional consequences // Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. – 1991. – Vol. 40. – Р. 143 – 184.

15. Sivolob, A., Prunell, A. Nucleosome conformational flexibility andimplications for chromatin dynamics // Phil. Trans. Roy. Soc. Lond.A. – 2004. – Vol. 362. – Р. 1519 – 1547.

16. Strahl, D.D., Allis, C.D. The language of covalent histone modifications// Nature. – 2000. – Vol. 403. – Р. 41 – 45.

17. Tremethick, D.J. Higherorder structures of chromatin: the elusive30 nm fiber // Cell. – 2007. – Vol. 128. – Р. 651 – 654.