Цитологічний аналіз.

Гібриди часто аналізують методами, тобто досліджують кількість і морфологію хромосом. Цей метод достовірний, особливо для міжтрибних, міжродинних гібридів, для батьків яких властива докорінна морфологічна відмінність хрромосом. Причини генетичної нестабільності соматичних гібридів цілком не з’ясовані. З одного боку вони можуть бути наслідком філогенетичної віддаленості вихідних видів, з іншого – вцей процес можуть бути включені й інші чинники. Тривалість індукції і пасажування калюсу соматичних гібридів, склад живильних середовищ також впливає на цитологічну нестабільність.

Біохімічний аналіз.

Біохімічні методи широко застосовують для агналізу міжвидових гібридів. Вивчають їх за допомогою електрофорезу в поліакриламідному гелі з наступним фарбуванням білків із визначеною ферментативною активністю – це є найпростішим і найефективнішим засобом біохімічного аналізу парасексуальних гібридів. Одним із найдостовірніших та найдоступніших методів біохімічного дослідження соматичних гібридів є аналіз РубісКО. Це найпоширеніший і найбільш вивчений білок рослин, що є ключовим ферментом циклу Кальвіна і складається з великих і малих субодиниць. Поліпептиди великих субодиниць кодуються хлоропластною ДНК, малих – ядерною ДНК. Вивчення поліпептидного складу субодиниць за допомогою ізоелектрофокусування в поліакриламідному гелі дає змогу виявити розходження в будові поліпептидних білків різних видів рослин.

Молекулярно-генетичний аналіз.

Використання рестрикційного аналізу ДНК для дослідження хлоропластів і мітохондрій соматичних гібридів має переваги – можливість виявлення перебудови ДНК, цілого геному. На відміну від ДНК пластид аналіз ДНК мітохондрій за соматичної гібридизації показує, що у вищих рослин можлива рекомбінація між геномами мітохондрій.