Промотор РНК-полімерази ІІ

Промотор РНК-полімерази ІІ, узагальнену схему якого зображено на рис. 3, може складатися з наступних елементів послідовності (для конкретних промоторів спостерігаються численні варіації цієї схеми).

Проксимальні (приблизно в зоні – 50 – 200 пар основ відносно старту транскрипції) та дистальні (будь де відносно старту) регуляторні елементи мають спорідненість до специфічних факторів транскрипції, взаємодія з якими активує / блокує збирання преініціаторного комплексу. Якщо дистальний елемент підсилює ефективність ініціації, його називають енхансером (enhancer – підсилювач), якщо навпаки – сайленсером (silencer – глушник). У зоні старту знаходиться так званий базальний промотор, на якому, власне, і відбувається збирання PIC.

Рис. 3. Приблизна узагальнена схема організації промотора РНК-полімерази ІІ і консенсусні послідовності основних елементів базального промотора.

Базальний промотор може включати (не обов’язково) три елементи: ТАТА-бокс (починається приблизно з 30-ї пари основ), ініціаторний елемент (Initiator, Inr) безпосередньо в зоні старту, DPE (Downstream Promoter Element) на відстані приблизно +30 пар основ від старту.

Останні два елементи, Inr та DPE, як правило, присутні (якщо присутні) одночасно. Наприклад, приблизно 14 % промоторів дрозофіли містять усі три елементи, 29 % – тільки ТАТА-бокс, 26 % – тільки DPE разом з Inr, 31 % не містять жодного з трьох елементів. У останньому випадку промотор визначається іншими, більш специфічними елементами послідовності. Зокрема, досить часто зустрічається так званий GC-бокс, що розташований, як правило, трохи вище (upstream) відносно положення ТАТА-боксу.