Развитие с XVII века

При папе Павле V для хранения документов было выделено отдельное здание. Так началась история Секретного архива, расположенного за воротами Св. Анны. В XVII веке зародилась традиция передавать в Ватиканскую библиотеку частные коллекции и королевские собрания. Так, фонды библиотеки значительно пополнились в 1623 году, когда курфюрст Баварии Максимилиан I подарил папе Григорию XV большую часть захваченной им Гейдельбергской библиотеки (так называемая лат. Bibliotheca Palatina — Палатинская библиотека) в знак благодарности за помощь вТридцатилетней войне. В 1815 году из Палатинской библиотеки были возвращены в Гейдельберг 38 латинских и греческих манускриптов, а также манускрипты по истории города на немецком и латинском. В 1657 году при папе Александре VII в Ватикан из Урбино была переведена так называемая Урбинская библиотека, представлявшая собой богатую коллекцию рукописей эпохи Возрождения (1767 текстов на латыни, 165 на греческом, 128 на иврите и арабском^[9]), основаннуюгерцогом Урбино Федериго да Монтефельтро.

В 1689 году коллекция пополнилась собранием шведской королевы Кристины(Александровское отделение). Королева провела последние годы жизни в Риме и завещала своё собрание (частично собранное её отцом в походах на Германию и Польшу, однако большая часть была собрана ею во время пребывания в Фонтенбло^[5]) кардиналуДекио Аццолини, племянник которого Помпео продал в 1690 году книги Александру VIII. Часть этой коллекции папа подарил своему племяннику кардиналу Пьетро Оттобони. Книги королевы Кристины, в составе которых выделялись собрания «Оттобониано» (итал. Fondi Ottoboniano; 3394 латинских и 473 греческих манускрипта) и «Каппониано» (итал. Capponiano; 288 рукописей из коллекции флорентийского маркиза Алессандро Каппони (итал. Alessandro Capponi), в 1759 году пополнили фонды библиотеки.

В 1715 году Климентом XI была организована экспедиция в Сирию и Египет, которую возглавил Иосиф Ассемани. За два года работы в монастырях Нитрийской пустыни, Каире,Дамаске, Ливане им было собрано около 150 ценнейших манускриптов, пополнивших собрание Ватиканской библиотеки. Папа Климент XIII присоединил всю коллекцию братьев Ассемани, составлявшую в том числе 202 сирийско-халдейских, 180 арабских и 6 турецких манускриптов.

Наполеоновские войны стали фатальными для собраний библиотеки: в 1797 году 500 манускриптов были конфискованы французской директорией. Однако в 1815 году большую часть увезённого, за исключением 36 манускриптов, удалось вернуть в Ватикан.