Поиск биомишеней для создания новых лекарственных средств на основе анализа геномных данных

Основные критерии селекции мишеней для создания антимикробных средств.

Первый шаг в создании новых противоинфекци­онных средств - это, как правило, поиск биологических мишеней, поскольку большин­ство требований к целевому белку-мишени в патоген­ных микробах может быть легко формализовано. Эти требования можно сформулировать, исходя из жела­тельных свойств «идеального» противоинфекционного препарата (табл. 2). Согласно современной кон­цепции выбора мишени все белки, закодированные в геноме микроорганизма, должны быть исследованы на соответствие этим требованиям, и лучшие кандида­ты могут быть отобраны как потенциальные биологи­ческие мишени.

Поиск мишеней обычно разделяется на два этапа: 1) предварительный автоматический поиск потенци­альных мишеней; 2) конечная ручная селекция мише­ней, основанная на данных о свойствах белков. Пер­вый этап сокращает число потенциальных мишеней с тысяч (типичный геном бактерии содержит около 1500-4000 белков) до десятков (порядка 10-20). На втором этапе выбираются наиболее перспективные мишени и далее осуществляется их приоритезация.

Каждый белок из микробного генома может быть оценен на соответствие медико-биологическим требо­ваниям путем сравнительного анализа этого белка и белков-гомологов в геномах других организмов.

Таблица 2. Требование к “идеальному” антимикробному средству и его молекулярной мишени.