КОНТРОЛЬНІ ЗАПИТАННЯ. 1. З яких трьох елементів складається нуклеотид?

1. З яких трьох елементів складається нуклеотид? Назвіть основні фізико-хімічні властивості цих елементів.

2. Чим хімічно відрізняються між собою рибо- і дезоксирибонуклеїнові кислоти?

3. Між якими хімічними групами утворюється полінуклеотидний ланцюг за рахунок ковалентного зв’язку ? Як позначаються кінці ланцюга й чому саме так?

4. Опишіть основні риси структури подвійної спіралі ДНК.

5. Які взаємодії стабілізують подвійну спіраль? Що лежить в основі комплементарності нуклеотидів і яке значення має комплементарність для стабілізації спіралі?

6. Які структурні форми подвійних спіралей нуклеїнових кислот визнаєте? Чим вони відрізняються? Які з цих форм є основними формами існування подвійних спіралей ДНК і РНК in vivo?

7. Які конформаційні параметри характеризують вигин і ступінь спіральної закрутки молекули ДНК?

8. Напишіть усі типи динуклеотидних контактів у складі полінуклеотидного ланцюга та у складі подвійної спіралі. Як і чому різняться ці два набори контактів?

9. Чим визначається локальна конформація та динамічні властивості подвійної спіралі?

10. Назвіть основні структурні мотиви білків, котрі взаємодіють із ДНК. Які елементи структури білків залучаються до взаємодії, і з якими структурними елементами подвійної спіралі?

11. Взаємодії якого типу реалізуються між ДНК і білками?

12. До чого приводить взаємодія елементів регулярної вторинної структури білків з маленьким жолобком ДНК?

13. Сформулюйте головний принцип, за яким здійснюється специфічне впізнання білком певної послідовності пар основ ДНК.

14. Що таке число зчеплень, твіст і райзинг циркулярної ДНК? Як співвідносяться ці величини? Що таке топоізомер?

15. Як виникає надспіралізація в циркулярних ДНК? Яка різниця між негативною та позитивною надспіралізацією?

16. У чому полягають основні механізми роботи й функціональне значення ДНКтопоізомераз?

РЕКОМЕНДОВАНА ЛІТЕРАТУРА

1. Вологодский, А.В. Топология и физические свойства кольцевых ДНК. – М.: Наука, 1988.

2. Зенгер, В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. – М.: Мир, 1987.

3. Уотсон, Дж. Д. Двойная спираль. Воспоминания об открытии структуры ДНК. – М.: Регулярная и хаотическая динамика, 2001.

4. Франк-Каменецкий, М.Д. Век ДНК. – М.: КДУ, 2004.

5. Anderson, C.F., Record, M.T. Saltnucleic acid interactions // Annu.Rev. Phys. Chem. – 1995. – Vol. 46.– P. 657 – 700.

6. Calladine, C.R., Drew, H.R. Principles of sequencedependent flexureof DNA // J. Mol. Boil. – 1986. – Vol. 192. – Р. 907 – 918.

7. Champoux, J.J. DNA topoisomerases: structure, function and mechanism// Annu. Rev. Biochem. – 2001. – Vol. 70. – Р. 369 – 413.

8. Dickerson, R.E. DNA structure from A to Z. // Methods Enzymol. – 1992. – Vol. 211. – Р. 67 – 111.

9. Garvie, C.W., Wolberger, C. Recognition of specific DNA sequences// Mol. Cell. – 2001. – Vol. 8. – Р. 937 – 946.

10. Olson, W.K., Gorin, A.A., Lu, X.J. et al. V.B. DNA sequence-dependentde for mability deduced from protein-DNA crystal complexes // Proc.Natl. Acad. Sci. USA. – 1998. – Vol. 95. – Р. 11163 – 11168.

11. Olson, W.K., Zhurkin, V.B. Modeling DNA deformations // Curr. Op.Struct. Biol. – 2000. – Vol. 10. – Р. 286 – 297.

12. Sarai, A., Kono, H. ProteinDNA recognition patterns and predictions // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. – 2005. – Vol. 34. – Р. 379 – 398.

13. Vologodskii, A.V., Cozzarelli, N.R. Conformational and thermodynamic properties of super coiled DNA // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. – 1994. – Vol. 23. – Р. 609 – 643.

14. Yakovchuk, P., Protozanova, E., Frank-Kamenetskii, M.D. Bases-tackingand base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix // Nucl. Acids Res. – 2006. – Vol. 34. – Р. 564 – 574.