Гель-електрофорез білково-нуклеїнових комплексів

Оскільки рухливість макромолекул при електрофорезі залежить від їхньої маси та форми, факт зв’язування певного білка з певним фрагментом ДНК легко встановити за допомогою шифт-тесту (shift-assay). Принцип методу є дуже простим: ДНК-білковий комплекс (якщо він утворюється) суттєво гальмується в гелі порівняно з вільною ДНК, що приводить, як правило, до наявності двох смуг ДНК після електрофорезу (рис. 15, а).

При цьому, якщо білок, як це часто буває, вигинає ДНК у сайті взаємодії, рухливість комплексу буде залежати від позиції білка на фрагменті ДНК: максимальну рухливість мають комплекси, у складі яких білок розташований на одному з кінців фрагмента, мінімальну – ті, де білок займає центральну позицію (рис. 15, б). Причиною цієї закономірності є те, що довші (і тому рухливіші) кінцеві ділянки вільної ДНК легше проходять через пори гелю. Відповідно, це дозволяє оцінити локалізацію білка відносно кінців фрагмента ДНК або розділити комплекси, що розрізняють за такою локалізацією.

Рис. 15. Гальмування рухливості ДНК-білкового комплексу при гель-електрофорезі (а) та залежність ступеня гальмування від позиції білка на ДНК у випадку вигину ДНК на поверхні білка (б).