Двери Тимура (Тамерлана), 1872

8 июня бухарские войска стали поспешно очищать, и последние их толпы были атакованы гарнизоном цитадели. Вскоре показались передовые казаки, а за ними генерал Кауфман с отрядом вошёл в город и горячо благодарил храбрый гарнизон, потерявший более трети своего состава, за геройскую защиту цитадели. В наказание жителей приказано было сжечь городской базар, как главную часть города. Вскоре после падения Самарканда была взята сильная крепость Катта-Курган, а 2 июня 1868 года эмир потерпел окончательное поражение на Зерабулакских высотах и был вынужден просить у России мира. По мирному договору 23 июня 1868 года, Бухарское ханство должно было уступить России Самаркандское, Катта-Курганское, Пенджекентское и Ургутское бекства, из которых два первые представляют лучшие места и земли цветущей долины Зеравшана. Кроме того, бухарский эмир обязался уплатить 500 тысяч рублей военного вознаграждения, предоставить русским купцам свободу торговли в ханстве, защищать их имущество и личную безопасность, дозволить учреждение торговых агентств во всех городах, взимать пошлину с ввозимых русских товаров не свыше 2½% их стоимости и предоставить русским купцам свободный проезд через ханство в другие земли.

Таким образом договор этот нанёс последний и решительный удар самостоятельности Бухарского ханства. С этого момента бухарский эмир беспрекословно исполнял желания русского правительства, которое, в свою очередь, оказывало ему поддержку во время смут и волнений, вспыхнувших в Бухарском ханстве после окончания войны с Россией. В 1876 году, вследствие поддержки России, Бухара возвратила отпавшие бекства Гиссар и Куляб, а в 1877 году раздвинула свои пределы далее на юго-восток, покорив, после незначительного сопротивлений, Дарваз и Каратегин.

Управление Бухарским эмиратом в конце ХIХ – начале ХХ вв.

Итак, договор 1868 г. с Россией резко изменил судьбу Бухарского эмирата. Он потерял свой суверенитет и превратился в зависимое от России государство, но сам бухарский эмир сохранил неограниченную власть над своими подданными.В 1885 г. в Бухаре начало свою работу Политическое агентство Российского императора, которое стало контролировать деятельность эмира и его чиновников. Агентство также контролировало решение правительства Российской империи о запрете ввоза товаров из других государств, кроме России.

Опорой эмира были представители династии мангытов, монгольского рода, участвовавшего в походах Чингисхана, которые занимали подавляющее большинство государственных должностей.

У эмира было большое количество придворных служителей, число которых превышало 3 тыс. человек. Наследником бухарского престола был правитель г. Кермине, а остальными бекствами управляли его близкие родственники.