Последовательное разделение

Линкеры являются устройством, которое позволяет отделить определенную долю продукта от гранулы. Если смесь активна, то она может быть разделена на меньшие по составу смеси и конечный продукт может быть отделен от гранул и протестирован.

Этот процесс может быть повторен несколько раз, до тех пор пока не идентифицируется активная гранула.

Определение строения активного соединения

Прямое определение строения компонентов в смеси является непростой задачей. Однако имеются успехи в определении строения продуктов, связанных с гранулой смолы, методами ЯМР, КР-, ИК- и УФ-спектроскопии. В случае пептидов может быть применено пептидное секвенирование для определения последовательности, в которой пептиды соединены с гранулой. Каждая гранула диаметром 0,1 мм содержит приблизительно 100 пикомолей пептида, которое достаточно для микросеквенирования. В случае непептидов, определение строения активного соединения может быть достигнуто обратной разверткой, описанной ранее. Однако, это очень утомительный процесс. Альтернативным подходом может быть метод прикрепления меток (tags).

Прикрепление меток

В этом процессе две молекулы связываются с одной гранулой. Одна из них – новая структура, которая тестируется, тогда как другая является молекулярной меткой (обычно пептид или олигонуклеотид). Эта метка ведет себя, как код для каждой стадии синтеза. В этом процессе гранула должна иметь множественный линкер, способный связываться как с синтезируемой структурой, так и с молекулярной меткой. Реагент присоединяется к одной части линкера, а закодированная аминокислота (или нуклеотид) – к другой части. После каждой последующей стадии комбинаторного синтеза, аминокислота или нуклеотид добавляется к метке, чтобы показать, какой регент применялся.

В качестве примера множественного линкера может привести так называемый safety catch linker (SCAL), который включает в себя остатки лизина и триптофана.

Синтезируемое соединение связывается с триптофановым остатком, а после каждой стадии синтеза меченая аминокислота соединяется с лизиновым остатком и, таким образом, в конце синтеза присутствует трипептид, в котором каждая аминокислота определяет идентичность изменяемых R, R’, R” в непетидной структуре.

Непептидная структура может быть разрушена восстановлением двух сульфоксидных групп в SCAL, который затем взаимодействует с кислотой. В этих условиях порядок трипептидых остатков, соединенных с гранулой, остается неизмененным и может быть установлен для идентификации строения соединения, которое было отделено от гранулы.

Подобная стратегия может быть использована с олигонуклеотидами вместо меченой молекулы.