Полінуклеотидний ланцюг

Дві хімічні групи – ОН-група при 3′-атомі пентози одного нуклеотиду та фосфат при 5′-атомі іншого − використовуються для утворення фосфодіефірного зв'язку між нуклеотидами (рис. 4).

Таким чином, як і поліпептидний, полінуклеотидний ланцюг має напрямок. На одному його кінці залишається 5′-фосфат (5′-кінець), на іншому − 3′-ОН-група (3′-кінець). Послідовності нуклеотидів прийнято записувати в напрямку 5′ → 3′, у тому ж напрямку відбувається синтез усіх нуклеїнових кислот. Слід також розуміти, що конформаційні особливості ланцюга залежать від напрямку, в якому розташовані сусідні нуклеотиди. Наприклад, послідовність СА має інші особливості, ніж послідовність АС. Загалом у складі ланцюга може бути 16 типів таких динуклеотидних контактів (16 можливих комбінацій із чотирьох по два). Отже, полярний остов полінуклеотидного ланцюга являє собою фосфатні залишки та пентози, що чергуються − цукрофосфатний остов.

Від цього остова відходять азотисті основи як бокові залишки.

Рис. 4. Полінуклеотидний ланцюг. Угорі праворуч: два варіанти схематичного зображення ланцюга, вертикальна лінія позначає пентозу, Р − фосфатний залишок.