Концевые нуклеотидные последовательности прокариотической и эукариотической рибосомных РНК

Длина последовательности РНК, узнающей полипиримидиновый блок на рибосомной РНК, может варьировать. Чаще всего это 6, 5 или 4 основания (может быть 3-9 оснований)- комплементарна 3-штрих концевому участку 16S РНК (анти Шайна-Дальгарно сиквенс ASD).

Очень важно расстояние последовательности Шайна – Дальгарно от инициаторного кодона – 5-12 нуклеотидов. Ниже примеры для разных матриц. Изогнутое – последовательность рибосомной 16S РНК.

Взаимодействие пред-инициаторной полипуриновой последовательности мРНК
с концевой полипиримидиновой последовательностью 16S рибосомной РНК

БЕЛКОВЫЕ ФАКТОРЫ ИНИЦИАЦИИ БАКТЕРИЙ

IF1 8 kD, однодоменный, 71 аминокислота. Связывание с малой субчастицей, стимуляция образования инициаторного 30S-комплекса. Стимулирует ассоциацию и диссоциацию субъединиц (снижает Е барьер, ускоряет процесс). Хорошо прикрывает А участки рибосом. Связывается так, что в А участок элонгаторная тРНК попасть не может, пока фактор не уйдет с малой субъединицы. Немного повышает селективность рибосомы в выборе инициаторной тРНК, понижает к неправильной элонгаторной.

IF2 97 kD, самый главный фактор.Похож и на фактор T (приносит тРНК) и на G (т.к..в р участок , а не в а. Транслоцирует). Взаимодействие с ГТФ и образование тройственного комплекса F-Met-tRNA:IF2:GTP, связывание с малой субчастицей.

IF3 20 kD, имеет N и С домены – двудоменный, соединенный альфа спиралью. Обеспечивает диссоциацию рибосом и связывание с малой субчастицей, взаимодействие с мРНК и дискриминацию тРНК. N-концевой домен ответственен за поддержание рибосомы в диссоциированной форме.

У эукариот этих факторов может быть и до 30 штук.

На картинке смотрим на малую субьединицы со стороны, которой она соединяется с большой.