Специфическими маркерами митохондрии являются ферменты цитохромоксидаза и сукцинатдегидрогеназа.

Некоторые авторы считают, что в клетках не множество, а одна гигантская митохондрия, которая многократно попадает в срез препарата, однако большинство исследователей указывает на ошибочность данной концепции, во всяком случае, для большинства клеток организма человека. Новые митохондрии образуются путем деления, способом перетяжки или почкования (2). В последнем случае образуется протомитохондрия, постепенно увеличивающаяся в размерах. При размножении в каждой из вновь образующихся митохондрий имеется свой собственный геном.

Старые митохондрии разрушаются путем аутолиза (самопереваривания клеткой с помощью лизосом) с образованием аутолизосом. Из аутолизосомы образуется остаточное тельце. При полном переваривании содержимое остаточного тельца выводится путем экзоцитоза. При неполном переваривании остатки митохондрий могут накапливаться в клетке в виде слоистых телец или гранул с липофусцином. Часть митохондрий может обызвествляться с образованием нерастворимых солей кальция (кальцинатов).