Какие причины привели к подавлению экспрессии ранее функционировавших генов в составе МНС, остается открытым.

Благодаря развитию молекулярной генетики и молекулярной иммунологии, появилась возможность не только проводить тонкий анализ антигенов HLA, но и изучать сами гены HLA. Особенный прогресс произошел после открытия и внедрения метода ПЦР, позволяющего анализировать ДНК и молекулярный полиморфизм системы в целом.

При этом были открыты многие новые аллели классов I, II и III, а общее количество только известных специфичностей HLA классов I и II увеличилось более чем в 10 раз.

Для идентификации аллельных вариантов генов HLA Номенклатурный комитет ВОЗ ввел новую официальную номенклатуру, отличную от таковой, ранее существовавшей для идентификации антигенов HLA. Естественно, что количество аллельных вариантов генов HLA значительно превосходит количество ранее известных соответствующих антигенов HLA.

В пределах системы HLA могут разместиться около 105- 106 генов. Гены, кодирующие антигены системы HLA, принято делить на 4 класса:

Класс - Первоначально были подразделены на 3 локуса, называемые А, В и С. Однако, кроме генов этих локусов в класс I системы HLA включаются еще 18 генов, 11 из которых являются псевдогенами, а 7-ассоциированы с продуктами транскрипции. Здесь существуют также гены E, F, G, H, функция которых не установлена).

2 класс - структуры D области, в которых выделяют сублокусы:

HLA- DR, DQ, DP. В этой же зоне находятся и другие гены: например, DN, DO, продукты которых пока не известны.

3 класс - в состав входят гены, С2, С4, пропердиновый фактор BF, кодирующие компоненты комплемента и участвующие в активации С3. В этой же области находятся гены, кодирующие синтез цитокинов ФНO→ и ФНО←, ферментов, участвующих в образовании гормонов.