Необхідно ще зазначити, що епітопи- ті ділянки антигенів, які розпізнаються рецепторними зонами Т і В клітин.

Антитіла (і В лімфоцити) зв'язують нативний антиген і впізнають на його поверхні так звані В-епітопи, які належать в основному до конформаційног типу і розта­шовані у місцях найбільшої гідрофільності та гнучкості поліпептидно­го ланцюга.

Але ж у процесі імунної відповіді антиген розпізнається і

Т лімфоцитами. Ділянки антигену, що розпізнаються Т лімфоцита­ми, називаються Т-епітопами. Їх положення і структура визначаються не так легко, як для В епітопів, тому що Т клітини впізнають анти­гени зовсім по-іншому.

1. Для розпізнання Т лімфоцитами антиген має бути процесованим (розщепленим). Процесинг відбувається всередині АПК під дією протеолітичних ферментів. Спектр пептидів, що утворюються, залежить від типу проте­аз, які відрізняються у різних типів клітин. Якщо антигенні макромолекули за дії цих протеаз не піддались повній деструкції, то вони лишаться слабко імуногенними. Так, ферменти макрофагів розщеплюють білки, які побудовані з L – ізомерів, і зовсім нечутливі до D-ізомерів, що є причиною дуже низької імуногенності синтетичних полімерів, побудованих з D-амінокислот.

2. Процесований пептид має бути представленим у комплексі із білками головного комплексу гістосумісності: відбір антиген­ного пептиду залежить від структури цих білків, які є високо поліморфними і відрізняються навіть у різних особистостей одного виду.

3. Розпізнання представленого пептиду залежить від репертуа­ру Т-клітинних рецепторів, який є результатом позитивного та негативного відбору у певного індивіда.

Отже, антиген, який розпізнається Т-клітинами, містить дві ділянки- для розпізнавання Т-клітинним рецептором-відомий нам епітоп, а також для розпізнавання молекулами МНС- агретоп. Паратоп- частина імуноглобуліна, яка вступає в контакт з епітопом на поверхні АГ.

В результаті, Т-епітоп - це лінійний пептид, який утворюються в результаті протеолізу (процесингу) нативно­го антигену.

Його положення не пов'язане із гідрофільністю чи рухомістю поліпептидного ланцюга. Воно залежить як від структури нативного білка (потенційні сайти про­теолізу, пептидні мотиви, що відповідають сайтам зв'язування білків гістосумісності), так і від стану імунної системи індивідуального ре­ципієнта (репертуар білків гістосумісності і Т-клітинних рецепторів). Т-епітопи більше пов'язані із сайтами чужорідності антигену по відно­шенню до білків реципієнта, ніж В-епітопи, оскільки репертуар Т-рецепторів проходить більш суворий негативний відбір.