Конформационный анализ ДНК
Молекула ДНК обычно находится в форме двойной спирали, образуемой двумя полинуклеотидными цепями, обвивающимися одна вокруг другой. Два дезоксирибозных остова, расположенные по периферии молекулы, имеют антипараллельную ориентацию. Наиболее часто встречается В-форма.
| Сравнение типов спиралей | |||||
| Тип спирали | A | B | C | D | |
| Конформация сахара | C3-эндо | С2-эндо | |||
| Число пар на виток | 9.33 | ||||
| Смещение пары от оси спирали, Å | 4.7 | 0.2 | -1.0 | -1.8 | |
| Угол спирального вращения, ° | 32.7 | 38.6 | |||
| Расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали, Å | 2.56 | 3.3-3.4 | 3.31 | 3.03 | |
| Уголь наклона пары, ° | -6 | -8 | -16 | ||
| Ширина желобков | Минорного | 11.0 | 5.7 | 4.8 | |
| Главного | 2.7 | 11.7 | 11.7 | ||
| Глубина желобков | Минорного | 2.8 | 7.5 | 7.5 | |
| Главного | 13.5 | 8.5 | 8.5 |
| Рис.1. Четыре наиболее устойчивые конформаций сахарного кольца в нуклеотиде. |
Основная причина различия конформаций связана с геометрией сахарного кольца у форм В- и А-семейств. Фуранозное кольцо рибозы и дезоксирибозы неплоское. Обычно атом С2, либо атом СЗ выходят из 
плоскости других четырех атомов
кольца. Если данный атом выдвинут
в сторону 5'-углерода и расположен
выше кольца, т.е. находится от него
со стороны основания, то кольцо
обладает эндоконформацией (рис.1). Если атом лежит ниже кольца, то получается экзоконформация. При изменения геометрии сахара с С2'-эндо (СЗ'-экзо) к СЗ'-эндо резко меняется расположение в пространстве выходящих из связей, что и соответствует перех переходу от В- к А-формам.
Главное структурное отличие А-формы от В-формы - это большое отверстие в центре спирали у А-формы, которое занимает почти половину диаметра всей спирали (d~20Å, у В-формы d~9Å). Молекулярным «переключателем» для перехода двойной спирали ДНК между семействами форм В- и А- служит сахарное кольцо пентозы.
Дата добавления: 2015-02-07; просмотров: 1285;