С 1801 года в Онеге утверждается первый надворный советник Шумов.

3 (15)июня 1806 году в Онеге открыто учебное заведение, где был учитель Пётр Евдокимов Карасёв. Обучалось 30 учеников А в октябре 1832 Онежское уездное училище было преобразовано в трёхклассное.

С 29 мая 1796. начато строительство Свято – Троицкого собора и окончено 1800 году, кроме внутренней отделки.15 июля 1800 архимандрит Крестного монастыря Никон освятил нижний, тёплый храм Архангела Михаила, второй этаж холодный был освящён 17 мая 1914 года архимандритом Крестного монастыря Кириллом. Придел Николая Чудотворца в трапезе нижнего храма освящён 2 июля 1837 году. протоиереем Иоанном Тамицким.

Свято –Троицкий храм в 1800 годы.

12 ( 24) июня 1812 года началось вторжение Наполеоновских войск в Россию. 19 июля в Архангельске был получен манифест «О сборе внутри государства земского ополчения» Запись в ополчение производилась с большим воодушевлением. «Изъявили вольное желание вступить в вольную службу для защиты Отечества» и наши земляки, крестьяне из Онежского уезда Степан Шадрин и Андрей Проходнов, канцелярист из Онеги Фёдор Колчин. Желая добиться скорейшего разгрома врага и избавить Россию от иноземного нашествия, русские люди повсеместно проводили сбор денег, одежды, продовольствия и оружия. От крестьян Онежского уезда поступило -8 689 рублей. На призыв к пожертвованию откликнулись все монастыри и епархии. 27 декабря 1812 года Онежский земский исправник Максим Любушкин представил губернатору список жителей уезда, пожертвовавших в пользу «жителей, по страдавших от вторжения врага в Отечество наше». В нём значится свыше двухсот фамилий: Илья и Петр Поповы, Василий Борисов, Дмитрий Келарев, Петр Терентьев, Иван Каменев, Алексей и Афанасий Медведевы из Подпорожской волости, Дмитрий Александров, Яков Кучин, Иван Агафонов, Иван Лукин, Василий Ильин, Дмитрий Пономарев – из Чекуевской волости и другие. Крестьяне Пияльской волости пожертвовали 40 рублей, Кожской – 25 рублей, Биричевской – 20 рублей, Городецкой и Владыческой – 70 рублей и т.д. Взносы каждого были невелики от 25 копеек до 6 рублей, но эти взносы весьма показательны, так как на начало войны пуд муки стоял от 18 до 25 рублей. Всего было пожертвовано 1 030 рублей. В эти военные месяцы в Архангельской губернии прошло три набора в регулярную армию. Поморами были укомплектованы Архангелогородский и Двинской полки. В рядах кавалерии сражался Каргопольский драгунский полк. Северяне отличились в Бородинском сражении, за что были удостоены наград. Участники заграничного похода также были награждены медалями «За взятие Парижа 19 марта 1814 года». среди них жители Онежского уезда Степан Танаков, Семен Суханов, Григорий Родионов. Большой ратный путь прошел член Онежской таможни штабс –капитан Пётр Фёдорович Петров. Он вступил на военную службу в 1809 году. В 1812 году произведён в прапорщики, служил во втором кадетском корпусе, участвовал во многих сражениях. В октябре 1813 года в знаменитой «битве народов» под Лейпцигом был ранен в правое плечо. За отличие в этом сражении был награждён орденом Анны четвертой степени. После выздоровления вновь воевал, за взятие Парижа присвоено звание капитана.

Церковный праздник у Свято-Троицкого собора

Многие жители Беломорья вернулись с войны «увечные от ран», среди них и онежане Степан Жданов, Григорий Родионов, Степан Танаков. Наши земляки внесли свой посильный вклад в разгром наполеоновской армии.

19 -20 июня 1827. в Онеге случился пожар от молнии, сгорели церкви: Никольская (1683), Успенская ( 1695) и много жилых домов

. В 1827 создано первое Российское страховое общество, занимавшееся страхованием кораблей, грузов, строений. В Онеге эта дата сохранилась на металлических табличках старых домов.

25 марта 1829 году Онегу посетил Михаил Францевич Рейнеке, вице –адмирал, отец «маячной службы» с помощником штурмана Вепрева.

В июле 1831 году образована Потребительская кооперация.

На 1829 год в городе числится строений: церквей деревянных-1, каменных -1, казенных –каменное казначейство, жилых деревянных домов -3, магазинов –общественных домов-6, частных или обывательских -175, все казенные строения и большая часть общественных, находятся в северной части города, в числе казенных домов два принадлежит управлению казенным лесным торгам и один портовой таможне, они хотя и старые 50 лет, но в 1830 году были ещё в хорошем состоянии. Общественное строения: училище ( с 1788г.), дом городничего, ратуша и прочие, равно как и обывательские дома, с малым исключением –ветхи, неопрятны и некрасиво выстроены, особенно в южном, верхнем конце города. Народонаселение города ( 1829) состояло из 27 хозяйства, в них считалось : мужского пола 602, женского 644 души всех сословий в том числе внутренней стражи около 60 чел. Управление городом в полицейском отношении состоит в ведении городничего, а в хозяйственном заведует ратуша, на обыкновенных правах уездных городов, направных с его помощниками, наведывающей полицейской частью всего уезда, живут в городе. Военных укреплений около города не было, в 1808г. были построены три земляные батареи, на правом берегу реки ниже города.

В 1822. был поставлен вопрос об устройстве больницы в городе. Онега ( дело 761).

Вид села Верховье ( старая Онега)

В 1836 году в городе Онеге числились один лекарь, одна повивальная бабка и лекарский ученик. В 1837 году в городе открыта больница на 8 коек, по другим сведениям 1860г. была открыта больница в г. Онега на 3 коечных места ( в 1861 уезде было два врача).

1 июля 1837. экспедиция академика Бэр зафрахтовала судно в городе. Онега «Святой Елисей» с онежанами А.Еремин, И.Челюзгин отправились на остров «Новая Земля»

12 ноября 1841 году император Николай Первый утвердил Первый Устав сберегательных касс, продолжателем дела, которых является сбербанк России.( 3 ноября 1927 году создан в городе Онеге Госбанк)

Ноября 1848 года. во время литургии в нижнем храме каменного собора Свято – Троицкого случился пожар. Имущество и иконостасы нижнего этажа удалось спасти, а на верху и в колокольне сгорело всё, что могло гореть. Купол колокольни обвалился, все восемь колоколов упали и разбились. Возобновление верхнего храма было медленное, вторично он был освящён в 1860 году архимандритом Крестного монастыря Анастасием совместно Иоанном Тамицким.

В 1856 году в городе. Онега побывал писатель Сергей Васильевич Максимов, автор книги «Год на Севере». В этой книге автор так пишет о нашем городе: «…солнце осветило Онегу; плачевно глядела она из-за ярового поля черными, гнилыми домами. На горе белелась каменная церковь, но церковь оказалась недостроенною, ещё белелось каменное здание и оно оказалось казенным казначейством Единственная улица города, по которой можно ещё ездить на лошадях( остальные- три или четыре, заросли травой и затянулись кочками, представляя вид недавно высушенного болота), была когда-то выстлана досками, но теперь представляла ужасный вид гнили…Бедна Онега и печально глядит в глаза каждому проезжему. Бедностью своей может соперничать только с одной Мезенью…»

В 1856 году образована кампания Онежского лесного торга.( 1783 начался период казенного владения «Онежским лесным торгом»,а с 1833 «Торг» находился в ведении лесного департамента и департамента государственных имуществ.) В 1846.»Онежский лесной торг» был сдан в аренду на 9 лет английским купцам. Но казна ещё на 9 лет продлила аренду с английской кампанией, которая в 1863. купила у казны все онежские заводы в свою собственность за 65 тыс.руб.»Кампания Онежского лесного торга» действовавшая до 1917 года.