Експлуатація в 90-х. Остаточна зупинка

22 вересня 1997 року розпочато реорганізацію ВО «Чорнобильська АЕС» та її входження у структурний підрозділ НАЕК «Енергоатом». 25 квітня 2001 року ЧАЕС реорганізована в Державне спеціалізованими підприємство Чорнобильська АЕС, а 15 липня 2005 року передана до сфери управління МНС Україна.

17 лютого 1990 року Верховна Рада Української РСР і Рада Міністрів Української РСР визначили термін виведення з експлуатації енергоблоків Чорнобильської АЕС у 1995 році, 17 травня Рада Міністрів СРСР видала розпорядження про розробку програми виведення з експлуатації енергоблоків.

2 серпня того ж року Верховна Рада Української РСР оголосила Мораторій на будівництво нових атомних станцій та на збільшення потужності існуючих строком на п'ять років.

Пожежа 11 жовтня 1991 на другому енергоблоці послужила підставою для рішення Верховної Ради України про зупинку і негайне виведення з експлуатації другого енергоблока Чорнобильської АЕС, а також про зупинку першого і третього енергоблоків у 1993 році. Проте вже в 1993 році Мораторій 1990-го року на будівництво нових атомних електростанцій був достроково знятий і за пропозицією Кабінету Міністрів України прийнято рішення про продовження експлуатації Чорнобильської АЕС протягом терміну, визначеного її технічним станом.

Під впливом світової громадськості та взятих на себе зобов'язань було прийнято остаточне рішення про виведення з експлуатації Чорнобильської АЕС. Постановою Кабінету Міністрів України від 22 грудня 1997 року визнано доцільним зробити дострокове зняття з експлуатації енергоблока № 1, який був зупинений 30 листопада 1996 року. Постановою Кабінету Міністрів України від 15 березня1999 року визнано доцільним зробити дострокове зняття з експлуатації енергоблока № 2, зупиненого після аварії в 1991 році.

11 грудня 1998 року був прийнятий Закон України, який визначив особливості правових відносин під час подальшої роботи ЧАЕС та дострокового зняття з експлуатації енергоблоків, перетворення зруйнованого четвертого енергоблока на екологічно безпечну систему, а також захист персоналу Чорнобильської АЕС. 29 березня 2000 року Кабінетом Міністрів України прийнято рішення про дострокове зняття з експлуатації енергоблока № 3 та остаточне закриття Чорнобильської АЕС до кінця 2000 року.

У квітні Указом Президента України була створена Міжвідомча (урядова) комісія по комплексному вирішенню проблем Чорнобильської АЕС. Указом Президента України від 25 вересня створено Організаційний комітет з підготовки та проведення заходів, пов'язаних з Актом закриття Чорнобильської АЕС. У затверджених 19 жовтня 2000 Президентом України заходах щодо закриття Чорнобильської атомної станції, а також у Постанові Кабінету Міністрів України від 29 листопада визначений термін остаточної зупинки і переведення в режим зняття з експлуатації 3-го блоку ЧАЕС — 12:00 15 грудня 2000 року.

5 грудня були проведені парламентські слухання за участю іноземних представників у зв'язку із закриттям ЧАЕС. Напередодні закриття, 14 грудня 2000 року, відбувся робочий візит на Чорнобильську АЕС Президента України Л. Д. Кучми. Під час зустрічі з персоналом станції Президент завірив, що жоден працівник не залишиться без соціального захисту. Прийнята Постанова Кабінету Міністрів України від 29 листопада «Про заходи щодо соціального захисту робітників Чорнобильської АЕС та жителів міста Славутич у зв'язку з закриттям станції» визначила комплекс заходів щодо пом'якшення соціальних наслідків.

5 грудня 2000 року через неполадки в системі захисту реактор третього енергоблока був зупинений.

14 грудня реактор був запущений на 5% потужності для церемонії зупинки і 15 грудня 2000 року о 13 годині 17 хвилин за наказом Президента України під час трансляції телемосту Чорнобильська АЕС — Національний палац «Україна» поворотом ключа аварійного захисту п'ятого рівня (АЗ-5) реактор енергоблока № 3 Чорнобильської АЕС було зупинено назавжди і станція припинила генерацію електроенергії.