Систематика и номенклатура микробов

Микробы, или микроорганизмы (бактерии, грибы, простейшие, вирусы), систематизиро­ваны по их сходству, различиям и взаимо­отношениям между собой. Этим занимается специальная наука — систематика микроор­ганизмов. Систематика включает три части: классификацию, таксономию и идентифика­цию. В основу таксономии (от греч. taxis — рас­положение, порядок) микроорганизмов поло­жены их морфологические, физиологические, биохимические и молекулярно-биологические свойства. Различают следующие таксономи­ческие категории: царство, подцарство, отдел, класс, порядок, семейство, род, вид, подвид и др. В рамках той или иной таксономичес­кой категории выделяют таксоны — группы организмов, объединенные по определенным однородным свойствам. Названия микроор­ганизмов регламентируются Международным кодексом номенклатуры (зоологической, бота­нической, номенклатуры бактерий, вирусов).

Микроорганизмы представлены доклеточ-ными формами (вирусы — царство Vira) и клеточными формами (бактерии, архебакте-рии, грибы и простейшие). По новому высше­му уровню в иерархии классификации среди клеточных форм жизни различают 3 доме­на (или «империи»): «Bacteria», «Archaea» и «Eukarya»:

□ домен «Bacteria» — прокариоты, пред­ставленные настоящими бактериями (эубак-териями);

□ домен «Archaea» — прокариоты, пред­ставленные архебактериями;

□ домен «Eukarya» — эукариоты, клетки которых имеют ядро с ядерной оболочкой и ядрышком, а цитоплазма состоит из высоко­организованных органелл — митохондрий, аппарата Гольджи и др. Домен «Eukarya» вклю­чает: царство Fungi (грибы); царство живот-

ных Animalia (включает простейшие — под­царство Protozoa); царство растений Plantae.

Домены включают царства, типы, классы, порядки, семейства, роды, виды. Одной из ос­новных таксономических категорий является вид {species). Вид — это совокупность особей, объединенных по близким свойствам, но от­личающихся от других представителей рода.

Совокупность однородных микроорганиз­мов, выделенных на питательной среде, ха­рактеризующихся сходными морфологичес­кими, тинкториальными (отношение к кра­сителям), культуральными, биохимическими и антигенными свойствами, называется чис­той культурой.

Чистая культура микроорганизмов, выделен­ных из определенного источника и отличаю­щихся от других представителей вида, называ­ется штаммом. Штамм — более узкое понятие, чем вид или подвид. Близким к понятию штам­ма является понятие клона. Клон представляет собой совокупность потомков, выращенных из единственной микробной клетки.

Для обозначения некоторых совокупностей микроорганизмов, отличающихся по тем или иным свойствам, употребляется суффикс var (разновидность) вместо ранее применявшегося type. Поэтому микроорганизмы в зависимости от характера различий обозначают как морфо-вары (отличие по морфологии), резистенто-вары (отличие по устойчивости, например, к антибиотикам), серовары (отличие по антиге­нам), фаговары (отличие по чувствительности к бактериофагам), биовары (отличие по био­логическим свойствам), хемовары (отличие по биохимическим свойствам) и т. д.

Для идентификации и типирования бакте­рий используют фенотипические, генотипи-ческие и филогенетические показатели (сущ­ность их описана в последующих главах).

ФЕНОТИПИЧЕСКИЕ: окраска по Граму, морфологические и культуральные свойс-

тва, биохимические реакции, хромогенные ферментативные реакции, использование ис­точников углевода, антибиотикограмма, бак-териоцинотипирование, фаготипирование, антигенные свойства, химический состав клеточной стенки (пептидогликан, миколо-вая кислота и др.), а также белков и липидов клетки.

ГЕНОТИПИЧЕСКИЕ: соотношение G+C, гибридизация ДНК, молекулярное зондиро­вание, плазмидный анализ, полиморфизм длины фрагментов рестрикции ДНК, рибо-типирование.

ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ: анализ рРНК-пос-ледовательности, РНК-РНК-гибридизация, амплификация полиморфной ДНК с исполь­зованием производных праймеров, секвени-рование 16S и 23S рРНК.