Сравнение первичных и вторичных структур инициаторной и элонгаторной метиониновых тРНК бактерий (сл12)

Похожа на элонгаторную тРНК. Антикодон САU – соответствует инициаторному кодону АUG. Отличия:

1) Урацил33 у элонгаторной тРНК повернут внутрь и завязывает связь с антикодоном по фосфатам. А у инициаторной вывернут наружу и так не может.

2) У основания инициаторной тРНК 3 Г-Ц пары. Очень прочная конструкция, т. е. петля отличается от элонгаторной и позволяет попадать сразу в р участок инициаторного кодона.

3) 2 основания дигидроуридиновой пети (16 и 17) в элонгаторной тРНК смотрят наружу, у инициаторной погружены внутрь. Т. е. глобулярная часть более прочная.

4) Нет спаривания между 1 и 72 основанием, т.е. ССА более подвижен. В растворе у инициаторной тРНК он развернут в сторону «тела», поэтому присоединенный к последнему атому аминокислотный остаток может укладываться на акцепторный стебель.

Т. е. аминоацилированная инициаторная тРНК не узнается первым фактором элонгации Tu. Снижает наличие формильной группы, конечно, но даже когда ее нет не узнает. В частности важен разворот аминоацильного остатка. Но такая тРНК хорошо узнается 2 фактором инициации. Инициаторная тРНК узнается клеточной метиониновой РНК синтетазой, на нее навешивается метиониновый остаток. Не всегда такой инвариантный Met сохраняется в последовательности белка, в процессе синтеза часто отщепляется специальной пептидазой. Но на первых этапах синтеза есть обязательно. Затем аминоацилированная инициаторная тРНК взаимодействует с формилтрансферазой, который использует в качестве донора формильные группы формилтетрагидрофолата (метилентетрагидрофолат), переносит формил на NH2 группу. Чтобы удалить N-концевой метионин, сначала происходит деформилирование деформилазой, но уже после инициации.