Основним шляхом його синтезу в організмах тварин та людини є відновлення діоксіацетонмонофосфату – проміжного продукту обміну вуглеводів за участю гліцерофосфатдегідрогенази:
3-фосфогліцерин є активною формою гліцерину і може використовуватись для синтезу тригліцеридів і фосфоліпідів.
Частина гліцерофосфату під дією фосфатази може гідролізуватись з утворенням гліцерину та фосфорної кислоти:
