Все арбитражные суды образуют единую систему, возглавляемую Верховным Судом РФ.

Федеральные арбитражные суды округов как суды кассационной инстанции предназначены для проверки законности вступивших в законную силу судебных актов судов апелляционной и первой инстанций. Всего образовано 10 федеральных округов, в состав которых входит несколько субъектов Российской Федерации. Суд округа осуществляет проверку в кассационном порядке судебных актов арбитражных судов субъектов Российской Федерации - судов первой инстанции и двух судов апелляционной инстанции, расположенных на территории данного федерального округа. Название федеральных арбитражных судов округов производится по наименованию округа, закрепленного законодательно (например, Федеральный арбитражный суд Московского округа, Федеральный арбитражный суд Центрального округа).

Арбитражные суды апелляционной инстанции являются судами по проверки законности и повторному рассмотрению не вступивших в законную силу судебных актов судов первой инстанции. Они осуществляют проверку и пересматривают в апелляционном порядке судебные акты арбитражных судов субъектов Российской Федерации - судов первой инстанции, перечень которых законодательно закреплен за каждым судом апелляционной инстанции. Территориально суды апелляционной инстанции расположены следующим образом: два апелляционных суда на один федеральный арбитражный (кассационный) округ. Каждый суд апелляционной инстанции имеет свой номер (например, 19-й суд апелляционной инстанции), наименований суды апелляционной инстанции не имеют.

Арбитражные суды субъектов Российской Федерации рассматривают по существу экономические споры, подведомственные арбитражным судам по первой инстанции, количество которых соответствует количеству субъектов Российской Федерации в соответствии с существующим государственным административно-территориальным устройством России.

Под составом любого арбитражного суда понимается его внутреннее устройство - структура.

Для подготовки и прохождения материалов судебных дел, изучения практики применения законодательства, выполнения иных функций арбитражных судов создается аппарат арбитражного суда, включающий отделы и другие подразделения.

Федеральный арбитражный суд округа действует в составе Президиума, судебных коллегий по спорам, возникающим из гражданских и административных правоотношений. Президиум окружного суда утверждает по представлению председателя суда членов судебных коллегий и председателей судебных составов этого суда, решает другие наиболее важные вопросы организации работы и судебной практики.

Примерно таким же образом определяется и внутренняя структура арбитражных судов субъектов Российской Федерации, с той лишь разницей, что в некоторых судах с небольшим количеством судей могут быть образованы только судебные составы из числа судей этого суда, т.е. без образования коллегий.

Каждый арбитражный суд состоит из председателя, его заместителей или заместителя, судей и работников аппарата суда.

Вопросы внутренней деятельности арбитражных судов и их взаимоотношений друг с другом, в том числе вопросы, связанные с образованием судебных коллегий и судебных составов, урегулированы в Регламенте арбитражных судов, утверждаемом постановлением Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ.

Согласно ст. 128 Конституции РФ все судьи Высшего Арбитражного Суда РФ назначаются Советом Федерации по представлению Президента РФ, а судьи других арбитражных судов - Президентом РФ в порядке, установленном Федеральным законом "О статусе судей в Российской Федерации".