B. Неструктурные и регуляторные гены.

1. tat (trans activating gene - транс-активирующий ген) усиливающий экспрессию всех вирусных генов.

2. nef (negative factor gene - ген негативного фактора) подавляющий репликацию вируса.

3. rev (regulator of virus gene - регулятор вирусного гена) увеличивающий синтез структурных белков.

4. vif (viral infectivity factor gene - ген фактора инфекциозности вируса) влияющий на инвазионную способность вирусных частиц.

5. vpu (у ВИЧ-1) и vpx (у ВИЧ-2) вероятно увеличивающие созревание и выход вирусного потомства из клетки. (Обнаружение типоспецифических последовательностей vpu и vpx – существенно для дифференциации инфекции ВИЧ-1 от ВИЧ-2.).

6. vpr – имеются сообщения, что он активирует область промотора вируса.

7. LTR (long terminal repeat) последовательности (длинные концевые повторы), по одному с обоих концов, содержащие последовательности, дающие промотору усиливающие и интегрирующие сигналы.

Антигенные варианты и разнообразие ВИЧ.

ВИЧ – высоко изменчивый вирус. У него обнаруживаются как частые антигенные изменения, также и изменения других свойств, таких как нуклеотидные последовательности, клеточный тропизм, особенности роста и цитопатологии. Различия наблюдаются не только между изолятами из различных регионов или разных лиц, но и между повторными изолятами от одного и того же человека и даже между изолятами из разных мест одного человека в одно и то же время. Эта большая вариабельность ВИЧ, как полагают, является следствием ошибок, присущих природе обратной транскрипции.

Антигенные вариации наиболее часто отмечаются в отношении белков оболочки, но обнаруживаются реже в отношении других антигенов. На основании антигенных различий выделено два типа ВИЧ. Первоначально выделенный ВИЧ и родственные штаммы, распространенные во всем мире, принадлежат ВИЧ типа 1. Штаммы ВИЧ, вначале изолированные в Западной Африке в 1985 г., которые очень слабо или вообще не реагируют с иммунной сывороткой против ВИЧ-1, были названы ВИЧ типа 2. Антигены оболочки двух типов различны, хотя их основные полипептиды обнаруживают некоторую перекрестную реактивность. ВИЧ-2 имеет генетическую идентичность с ВИЧ-1 только на 40 процентов. Он более близко родственен вирусу иммунодефицита обезьян, чем ВИЧ-1. Он, как полагают, намного менее вирулентен, чем ВИЧ-1. Он в большей мере встречается в Западной Африке, хотя имеются сообщения о выделении его из других областей, включая западную и южную Индию.

ВИЧ-1 штаммы классифицировались в по крайней мере девять подтипов, основанные на секвенировании их gag и env генов. Эти подтипы обозначены как буквами от A до I.

В то время как все известные подтипы обнаруживаются в Африке, только один подтип B был найден в США. Доминирующий подтип в Западной Индии – C, в Таиланде - E. Подтипы, по-видимому, различаются при инфицировании из различных. Подтипы, обычные в Азии и Африке, более часто передаются при гетеросексуальном контакте, чем американские штаммы (подтип B), которые распространяются преимущественно при ведении крови и гомосексуальном контакте (гомосексуальная передача рассматривается в качестве кровяного пути, так как вирус, вероятно, проникает непосредственно в кровь через незначительные разрывы.

Некоторые штаммы ВИЧ-1, выделенные недавно в Камеруне, которые выпадают из диапазона подтипов от A до I, были названы подтипом 0 («0» от «outliers» – «выбросы»). Инфекция этими штаммами не обнаруживается тест-системами для ВИЧ-1 и 2. Подтип 0- штаммов в настоящее время ограничен Камеруном, но, хотя есть сообщения о случаях камерунского происхождения из Габона и Франции. Широкое распространение этих штаммов может создавать серьезные проблемы в серодиагностике ВИЧ инфекций.

Обычно наблюдаются различия в характеристике роста между ВИЧ, изолированных от бессимптомных носителей и от больных СПИДом. Первые растут медленно и инфицируют только лимфоциты периферической крови, в то время как последние растут быстрее и дают высокие титры на перевиваемых линиях клеток лимфоидного и моноцитоидного происхождения. Различия в штаммах могут объяснять различия в клиническом течении процесса у ВИЧ-инфицированных людей.