В сложном программном обеспечении есть недостатки, которыми могут воспользоваться посторонние лица (хакеры) и использовать их в свою пользу.

Так, хакер украл с кредитных карточек Парекс-банка около 7000 долларов, из компьютеров полиции одной прибалтийской республики исчезла база данных на все автомобили, зачисленные в угон не только из бывшего СССР, но и проходящую по базам поиска Интерпола. Для предотвращения несанкционированного доступа используются дорогостоящие системы защиты, совершенствуется ПО.

4. При использовании программного обеспечения существует возможность потери данных от действия компьютерных вирусов, которые используют недостатки ПО. В связи с возрастающей стоимостью информации потери могут быть очень весомыми. Для защиты приходится использовать специальные программы - антивирусы.

5. В силу того, что сейчас произошла концентрация в отрасли информационных технологий, и работают лишь по несколько крупных компаний в каждой специализированной области, перед пользователем информационной технологии встает дилемма выбора платформы информационной технологии, так как в дальнейшем он будет зависеть от своего поставщика.

6. Легкость тиражирования информационных продуктов позволяет с лёгкостью нарушать авторские права разработчика ИП. Это касается, в первую очередь, аудио- и видеопродукции, а также различного программного обеспечения.