Мутагены (равно и вызываемые ими мутации) классифицируют по происхождению (источнику) на эндогенные и экзогенные, а по природе на физические, химические и биологические.

Экзогенные мутагены. Их большинство, к ним относятся различные и многочисленные факторы внешней среды (например, радиационное излучение, алкилирующие агенты, окислители, многие вирусы).

Эндогенные мутагены образуются в процессе жизнедеятельности организма (например, мутации могут возникать под влиянием свободных радикалов, продуктов липопероксидации).

Физические мутагены — ионизирующее излучение и температурный фактор

†ионизирующее излучение (например, ‑, ‑, ‑лучи, рентгеновское излучение, нейтроны);

†радиоактивные элементы (например, радий, радон, изотопы калия, углерода и т.д. — источники ионизирующего излучения);

†УФ‑излучение;

†чрезмерно высокая или низкая температура.

Химические мутагены — самая многочисленная группа мутагенов. К химическим мутагенам относятся:

†сильные окислители или восстановители (например, нитраты, нитриты, активные формы кислорода);

†алкилирующие агенты (например, йодацетамид);

†пестициды (например, гербициды, фунгициды);

†некоторые пищевые добавки (например, ароматические углеводороды, цикламаты);

†продукты переработки нефти;

†органические растворители;

†ЛС (например, цитостатики, содержащие ртуть средства, иммунодепрессанты);

†другие химические соединения.