Ендогенні віруси

Особливу категорію складають так звані ендогенні віруси. Їх геном у вигляді двониткової ДНК, відповідної геному ретровірусів, постійно знаходиться у складі клітинної хромосоми і функціонує як набір клітинних генів. Ендогені віруси можуть бути повноцінними, і тоді їх експресія приводить до утворення вірусу, здатного заражати інші клітини (наприклад, вірус раку молочних залоз мишей). В більшості випадків, проте, ендогенні віруси мають дефектний геном, в якому деякі вірусні гени відсутні або неактивні.

Ендогенні ретровіруси є слідами стародавніх вірусних інфекцій в ДНК. Ретровіруси (такі як ВІЛ і Т-лімфотропний вірус людини, що викликає лейкоз і лімфому) вбудовують власний код в геном зараженого організму. Зазвичай після цього клітина починає продукувати нові копії вірусу, але в цьому процесі можливі збої: копіювання вбудованої вірусної послідовності пригнічується клітиною хазяїна, але послідовність залишається в структурі хромосоми. Якщо цей процес стався в стовбуровій статевій клітині, то таку послідовність наслідуватимуть нащадки інфікованої особини. Ретровіруси вбудовуються в геном випадковим чином вірогідність незалежної вбудови однакових вірусів на однакові позиції дуже мала. Тобто генетичний код одного і того ж ретровірусу може бути присутнім у двох тварин на одній і тій же позиції в ДНК тільки у тому разі, якщо ці тварини пішли від загального предка.

На думку різних дослідників від 1 до 50 % людського генома займають ендогенні ретровіруси, усього таких послідовностей в ДНК кожної людини близько 30 000. Деякі з цих ретровірусів зустрічаються тільки у людини. Інші послідовності зустрічаються тільки у шимпанзе і у людини (тим самим підтверджується походження людини і шимпанзе від одного предка). Також є послідовності, що зустрічаються у горил, шимпанзе і людини, у орангутанов, горил, шимпанзе і людини і так далі. Розподіл ендогенних ретровірусів в точності відповідає філогенетичному дереву.

Також можна навести приклад з родини котячих. У малих кішок (точніше, у таких тварин, як очеретяний кіт, європейська лісова кішка, степова кішка і домашня кішка) знайдена загальна ретровірусна вставка. Ні у яких інших хижаків цей ретроген не виявлений.

Одним з прикладів ендогенних вірусів є віруси, які віднесені до групи дельта-ретровірусів.

Дельта-ретровіруси віднесені до Надцарства Віруси (неклітинні), царства Віруси, група ssRNA-RT, родина Retroviridae, рід Deltaretrovirus. До цього роду належать віруси:

Т-лімфотропний вірус приматів ;

Т-лімфотропний вірус людини ;

Вірус лейкозу великої рогатої худоби.

Віруси роду дельта-ретровірус - це РНК-віруси, які реплікуються в клітинах хазяїна за допомогою ферменту зворотної транскриптази для того, щоб утворити ДНК зі свого РНК-геному. Потім ДНК включається в геном хазяїна за допомогою ферменту інтегрази . Після цього вірус реплікується як частина ДНК клітини хазяїна. Дельта-ретровіруси - це оболонкові віруси, які відносяться до родини ретровірусів. Вірус сам зберігає свою нуклеїнову кислоту у формі +мРНК генома (включаючи 5 '- кэп і 3 '- полі(А) усередині віріона) і служить засобом доставки цього генома в клітини, в яких він, як облігатний паразит, і починає інфекцію. Як тільки він опиняється в клітині хазяїна, нитки РНК в цитозолі піддаються зворотній транскрипції і включаються в геном хазяїна. До тих пір, поки вірус не інфікував хазяїна, його важко виявити.

Віріони ретровірусів складаються з часток, оточених оболонкою, приблизно 100 нм в діаметрі. Віріони також містять дві ідентичні однонитчасті молекули РНК завдовжки в 7-10 кілобаз. Хоча віріони різних ретровірусів не мають однакової морфології або біології усі компоненти віріона дуже схожі з іншими представниками роду. 5 '- кінець молекули РНК включає чотири області, такі як R, U5, PB і L.

R -область - це коротка повторювана послідовність в кожному кінці генома, під час зворотної транскрипції потрібна для того, щоб забезпечити правильне кінец-у-кінец перенесення в зростаючий ланцюг.

U5 -область, з іншого боку, - це коротка послідовність між областями R і PB.

Область PB складається з 18 основ, комплементу 3 '- кінцю тРНК-ого зразка.

L -область - нетрансльована провідна область, яка дає сигнал для пакування геномній РНК. 3 '- кінець включає три області, серед яких PP (поліуринова), U3 і R.

Область PP - це зразок для плюс-нитки синтезу ДНК під час зворотної транскрипції.

Область U3 - це послідовність між областями PP і R, яка має сигнал, який провірус може використовувати при транскрипції. Нарешті, область R -це завершуюча повторювана послідовність на 3 '- кінці.

Гени, які кодують вірусні білки, позначаються як gag (протеаза) (PR), гени білків Pol(полімераза) і гени білків Env(білки злиття, що забезпечують взаємодію вірусу з клітинною поверхнею).

Білки gag (продукти гену gag)- це основні компоненти вірусного капсиду, у кількості 2000-4000 копій на віріон.

Протеаза виявляється по-різному у різних вірусів. Вона функціонує при протеолітичних розщеплюваннях під час дозрівання віріонів для того, щоб отримати зрілі білки gag і Pol.

Білки pol відповідальні за синтез вірусної ДНК і інтеграцію в ДНК хазяїна після інфекції.

Нарешті білки env грають роль в злитті і входженні віріона в клітину хазяїна.

Після того, як дельта-ретровируси включили свої власні геноми в лінію відтворення, їх геноми передаються наступним поколінням. Ці ендогенні ретровіруси, що відрізняються від екзогенних, тепер складають до 5-8 % генома людини. Більшість включень мають невідому функцію і часто називаються як “даремна ДНК”.