Церковь во второй половине XVII в.

После смерти Иосифа по указанию Алексея Михайловича было предложено 12 кандидатур на пост патриарха. Из их состава от имени Освященного собора патриархом был назван Никон. Таким образом внешне была соблюдена соборная практика поставления патриархов. В 1653 г. титулование Никона Великим государем стало общепринятым. Он реально выполнял функции главы государства в отсутствие Алексея Михайловича, осуществлял поставление высших иерархов без согласования с царем – по жребию, из 12 кандидатур.

При Никоне Собором 1656 г. была создана Вятская епископия, в которую вошли также Великая Пермь, Чердынь, Соль Камская из Вологодской епархии. К последней перешли территории патриаршей области и Ростовской епархии – Белоозеро, Пошехонье, Чаропский округ. Во главе новой епископии был поставлен Коломенский епископ Александр, а Коломенская епархия присоединена к патриаршей области. Никон предполагал присоединить к патриаршей области и Крутицы, отправив митрополита Сарского и Подонского Питирима из Москвы. Однако Питирим не выполнил указа патриарха.

Надзор за попами в Москве при Никоне осуществляли его подьяки и патриаршие стрельцы. Ему были подтверждены несудимые грамоты патриархов Иова и Филарета и позволено покупать земли и вотчины, в том числе для новых монастырей (Иверского, Воскресенского и Крестного). Доходы только Иверского монастыря составляли 10 000 рублей в год. К трем новым монастырям, находящимся в ведении патриарха, были приписаны 14 монастырей Новгородской и Тверской епархии. После падения Никона они вместе с приходскими церквями патриарших вотчин, расположенных вне патриаршей области, были возвращены в ведение глав других епархий по решению Освященного собора.

После оставления патриаршего престола в 1658 г. Никон проживал в Воскресенском Ново‑Иерусалимском монастыре, сохраняя судебную и фискальную власть над духовенством и жителями вотчин построенных им монастырей. Вопрос об избрании нового патриарха был поставлен на Соборе 1660 г. Но из‑за противодействия Никона это стало возможным только после суда над ним на Соборе 1666–1667 гг. с участием Александрийского и Антиохейского патриархов.

Среди многих обвинений Никону вменялось в вину лишение сана Коломенского епископа Павла без решения Собора. Это противоречило православной традиции и опыту Московского патриархата. Так, именно решением Собора в 1634 г. был осужден и лишен сана за злоупотребления архиепископ Суздальский Иосиф Курцевич, прибывший с Украины в 1625 г.

После отрешения Никона были избраны 12 кандидатов, из которых, по согласованию с Алексеем Михайловичем, оставили трех. Из них царь выбрал патриархом Иоасафа, архимандрита Троице‑Сергеева монастыря. На Соборе 1667 г. было подтверждено, что патриарх не имеет права решать вопросы, касающиеся монастырей и вотчин других епархий без архиерейского собора, а также принято решение о создании новых епархий: епископий в Ржеве, на Белоозере, в Дмитрове, Перми, Томске, на Лене; архиепископий в Н. Новгороде, Великом Устюге, Архангельске, Холмогорах; митрополии в Белгороде. Получили статус митрополий кафедры в Астрахани, Рязани и Тобольске. Кроме того вводились епископы, подчиненные главам епархий: Казанской – в Уфе, Ростовской – в Угличе, Крутицкой – в Ливнах, Новгородской – в Каргополе и Городецке или Устюжне, Рязанской – в Воронеже и Тамбове. В церковном управлении предполагалось усилить роль духовных лиц, передав им право суда от архиерейских бояр и других светских чиновников как по всем духовным делам, так и светским, касающимся духовенства епархии. Однако, несмотря на эти решение Собора 1667 г., упразднение Монастырского приказа произошло только после Собора 1675 г. и смерти Алексея Михайловича по челобитью патриарха Иоакима в 1677 г.

Предложения власти об увеличении количества епархий и епископов так и не были осуществлены в результате противодействия епископата. Он был не заинтересован в расширении аппарата управления, требующего значительного содержания. После учреждения Белгородской митрополии в 1667 г. только в 1672 г., в период межпатриаршества, после смерти Иоасафа II, по решению царя, были выделены земли из патриаршей области и Суздальской архиепископии для Нижегородской епархии. А Собор 1675 г. лишь провел размежевание Новгородской и Ростовской, Рязанской и Коломенской епархий, оставив в стороне вопрос о новых епископиях.

По инициативе царя Федора Алексеевича был созван Собор 1682 г. для обсуждения реформы церковного управления. Предполагалось увеличить количество епархий до 72 и включить их в состав патриаршего и 12 митрополичьих округов (от 2 до 20 в каждом). При этом границы церковных округов должны были совпадать с границами наместничеств. Идея административной соподчиненности епископов митрополитам и патриарху была полностью отвергнута духовенством как не соответствующая традициям соборной практики. Были поставлены только четыре епископа – в Устюг, на Холмогоры, в Тамбовскую и Воронежскую епархии.

В целях унификации в 1675 и 1687 гг. патриарх Иоаким вводит единый для всех епархий размер церковных пошлин. А в 1686 г. он осуществил, по благословению Константинопольского патриарха, поставление Киевского митрополита Гедеона, что означало окончательное решение вопроса о вхождении митрополии в Московский патриархат. До этого после воссоединения Украины с Россией, по царскому указу, патриарх Московский и Всея Руси получил титул патриарха и Малой России, но при этом ему запрещалось вмешиваться во внутренние дела Киевской митрополии. Первоначально она включала Киевскую, Черниговскую, Мстиславо‑Могилевскую, Луцкую, Львовскую и Перемышльскую епархии, но с 1691 по 1702 г. три последних епархии, расположенные на территории Речи Посполитой, заявили о принятии Унии.