Среди эндогенных факторов риска ВПР выделяют мутагены, эндокринные и метаболические заболевания матери, аномалии половых клеток, возраст родителей.

• Мутагены могут вызвать изменения генетического аппарата, на долю генных и хромосомных мутаций приходится более 30% всех ВПР.

† Генные мутации являются причиной около 20% от всех ВПР (например, расщелины губы и нёба как одно из клинических проявлений синдрома Ван дер Вуда).

† Хромосомные мутации обусловливают развитие примерно 10% ВПР (например, пороки сердца при синдроме Дауна).

• Эндокринные заболевания и метаболические расстройства в организме матери нарушают развитие органов плода или приводят к самопроизвольным абортам. Наиболее часто ВПР наблюдаются при СД, вирилизирующих опухолях половых желёз и коры надпочечников, фенилкетонурии.

• При аномалиях половых клеток (результат нарушения спермато‑ и/или овогенеза) возникают анеуплоидии и триплоидии.

• Возраст родителей.

† Возраст отца. Установлена прямая зависимость между нарастанием частоты некоторых ВПР (например, расщелины губы и нёба) и аутосомно‑доминантных наследственных заболеваний (например, ахондроплазии) и увеличением возраста отца.

† Возраст матери. ВПР дыхательной системы чаще отмечаются у юных матерей. У матерей старших возрастных групп увеличена частота рождения детей с геномными мутациями (классический пример: значительное увеличение трисомий, в том числе синдром Дауна).