Таким образом, элементы знаний патологии, хотя и носившие по большей части умозрительный характер, студенты медицинского факультета осваивали в курсе теоретической медицины.

Вместе с тем преподаватели медицинского факультета Императорского Московского университета начали осознавать необходимость специального исследования процессов, лежащих в основе возникновения и развития болезней. На эту необходимость указывал проф. М.Я. Мудров в 1825 г. в своих предложениях по новому Уставу Московского университета, направленных министру народного просвещения России и обозначенных им как мнение «об учреждении новой кафедры для анатомии патологической и для физиологии сравнительной». В этом документе проф. М.Я. Мудров аргументирует необходимость включения патологической анатомии и сравнительной физиологии (патологической физиологии) в число самостоятельных учебных дисциплин с организацией особой («нарочной») кафедры. Некоторое время спустя питомец Московского университета К.В. Лебедев издаёт первое руководство по клинической патологии «Общая антропопатология» (1832 г.).

Мнение проф. М.Я. Мудрова было учтено в новом Уставе Московского университета 1835 г.: учреждалась кафедра физиологии и общей патологии. Кафедру возглавил проф. А.М. Филомафитский, который привлекал сведения из экспериментальной физиологии для объяснения возможных причин возникновения, механизмов развития и сущности ряда болезней человека. На кафедре физиологии и общей патологии проводились эксперименты на животных по изучению действия на организм наркотических средств (эфира, хлороформа), последствий переливания крови, удаления почек, нарушений мочевыведения и др.

В 40‑е годы XIX века в России началась подготовка к очередной реформе системы медицинского образования. Помимо прочего, подразумевалась организация медицинского факультета в университете Святого Владимира в Киеве (для нужд южной части России) и реорганизация медицинского факультета Императорского Московского университета (для подготовки врачей в северном регионе Империи).

При организации медицинского факультета в университете Святого Владимира известный отечественный хирург Н.И. Пирогов настоял на необходимости создания на этом факультете специальной кафедры патологической анатомии и патологической физиологии. Проф. Н.И. Пирогов считал, что на этой кафедре нужно изучать и преподавать будущим врачам «патологию в нашем смысле слова, т.е. патологическую анатомию и физиологию, взятые вместе». В соответствии с принятым в 1842 г. Уставом университета, в Киеве в 1845 г. начала работу первая в России кафедра патологической физиологии с патологической анатомией. Возглавил её ученик Н.И. Пирогова Н.И. Козлов. Этот факт означал завершение этапа становления (зарождения) самостоятельной кафедры и начало преподавания специального учебного курса патофизиологии для врачей России.

В том же году правительство России приняло «Дополнительное постановление о медицинском факультете Императорского Московского университета» (07.12.1845). В соответствии с ним предусматривалось создание единой кафедры патологической анатомии и патологической физиологии и в Московском университете.

Важно заметить, что потребность в наличии кафедры патологической физиологии на медицинских факультетах университетов в наибольшей мере осознавали врачи. Такая кафедра нужна была им для естественнонаучного объяснения причин возникновения болезней и особенно механизмов их развития, нужна для того, чтобы, как считал М.Я. Мудров, медицина постепенно выходила из «гадательных наук» и становилась «ближе к наукам верным». Отсюда следует, что создание кафедры патофизиологии было вызвано потребностью в ней врачей‑клиницистов. Именно врачам нужно было знать, какая причина вызывает болезнь, по каким законам она развивается, как организм борется с возникшими в нём нарушениями. Располагая такими данными, врач может аргументированно строить схему диагностического поиска, разрабатывать методы лечения и предупреждения болезней. Именно с учётом большой клинической востребованности сведений по патологии, тесной естественной связи патологической анатомии и патологической физиологии с клиникой в 1846 г. её заведующим был назначен врач‑адъюнкт терапевтической клиники Ю. Дитрих. Однако, находясь в заграничной командировке, Ю. Дитрих не мог реально руководить кафедрой, а в 1847 г. он скоропостижно умер. В следующем году в конкурсе на заведование кафедрой патологической анатомии и патологической физиологии участвовали четыре претендента. Все они были сотрудниками клинических (терапевтических) кафедр медицинского факультета Императорского Московского университета. По конкурсу заведующим кафедрой был избран двадцатидевятилетний адъюнкт госпитальной терапевтической клиники А.И. Полунин.

В течение нескольких лет до этого А.И. Полунин изучал в различных университетах Европы патологическую анатомию и сравнительную физиологию, микроскопическую анатомию, органическую и патологическую химию. После защиты докторской диссертации Совет медицинского факультета поручил А.И. Полунину начать чтение курса патологической анатомии и патологической физиологии в весеннем семестре 1848/49 учебного года, а в мае 1849 г. он был назначен профессором кафедры. С этого момента в Московском университете начала функционировать самостоятельная кафедра патологической анатомии и патологической физиологии.

Проф. А.И. Полунин читал курс лекций, состоящий из четырёх разделов: общего учения о болезни; учения о путях её распространения; учения об общих механизмах развития болезней; учения об отдельных болезненных процессах. Он перевёл на русский язык книгу фон Вирхова «Клеточная патология», издал ряд своих трудов, среди них «Введение в патологию», «О человеке и его отношениях к природе», «Рассуждение о холере». Проф. А.И. Полунин считается одним из основоположников педагогической и научной школы патофизиологов.

Проф. А.И. Полунин много сделал для развития медицинского факультета Московского университета и медицинского образования в России. С 1863 г. по 1878 г. он был деканом медицинского факультета, много лет издавал и редактировал «Московский врачебный журнал», был секретарём Московского физико‑медицинского общества. В разные годы учениками А.И. Полунина были А.С. Шкляревский, Г.А. Захарьин, С.П. Боткин, В.Ф. Снегирёв, И.М. Сеченов, И.Ф. Клейн, А.Б. Фохт и другие впоследствии известные врачи, учёные и педагоги.

Проф. А.И. Полунин руководил кафедрой патологической анатомии и патологической физиологии в течение 20 лет. За это время завершилось становление патологической анатомии как самостоятельного учебного предмета в системе подготовки врачей. Стали ясны её специфические цели, предмет и методы. В связи с этим в 1869 г. была организована отдельная кафедра патологической анатомии, которой руководил один из учеников проф. А.И. Полунина — И.Ф. Клейн. Сам А.И. Полунин возглавил кафедру патологической физиологии, переименованную в то время в кафедру общей патологии. Задачами кафедры общей патологии являлись изучение общих закономерностей и конкретных механизмов изменений в организме больного человека, а также разработка методов лечения и профилактики болезней. К этому времени сложилась структура предмета патофизиологии (общей патологии): общее учение о болезни (т.е. общая нозология); учение об общих, типовых патологических процессах; учение о типовых формах патологии отдельных органов и их физиологических систем. В последующем кафедры были открыты и в других университетах России: в 1874 г. кафедра общей и экспериментальной патологии в Казанском университете (зав. — проф. В.В. Пашутин); в 1879 г. кафедра общей и экспериментальной патологии в Военно‑медицинской академии в Петербурге (зав. — проф. В.В. Пашутин); в 1891 г. кафедра общей патологии в Томском университете (зав. — проф. П.М. Альбицкий).

После смерти проф. А.И. Полунина в течение более 30 лет (с 1880 г. по 1911 г.) кафедрой руководил его ученик, крупный патолог, известный московский врач‑терапевт, заслуженный деятель науки проф. А.Б. Фохт. Основными задачами патофизиологии (общей патологии) он считал выявление причин возникновения и закономерностей развития болезней, формирование теоретической основы мышления врача. Проф. А.Б. Фохт организовал при кафедре и руководил первыми в России вначале лабораторией, а затем (с 1890 г.) институтом общей и экспериментальной патологии. А.Б. Фохт широко пропагандировал и внедрял в руководимом им институте, а также в преподавании патофизиологии клинико‑экспериментальный подход.

Обращаясь в Совет высшей медицинской школы в 1920 г., проф. А.Б. Фохт пишет о необходимости «совмещения общепатологических экспериментальных исследований с клиническим наблюдением», а также основания содержания лекций и занятий по патологии на «исключительно клинических вопросах». Эту же идею он развивал в изданных им «Лекциях общей патологии» (1910). Организаторский талант проф. А.Б. Фохта проявился при его участии в создании и руководстве Московским терапевтическим и Российским эндокринологическим обществами, а также во время работы деканом медицинского факультета Московского университета в 1918–1920 гг.

Дальнейшее развитие клинико‑экспериментальное направление в патофизиологии (с 1924 г. это название было вновь восстановлено вместо ранее применявшегося «общая патология») получило во время руководства кафедрой проф. Г.П. Сахаровым (1914–1924 гг.) и проф. С.С. Халатовым (1929–1947 гг.).

С 1927 г. на кафедре наряду с лекционным курсом проводились и семинарские занятия, а с целью развития научных исследований была открыта аспирантура. Проф. С.С. Халатов для аспирантов‑патофизиологов организовал обязательный курс клинической практики и с этой целью — клинический стационар на базе кафедры факультетской терапии. Тем самым подтверждался тезис: «Патофизиология как фундаментальная дисциплина порождена и востребуется клиникой».

Проф. Г.П. Сахаров и сотрудники руководимого им коллектива плодотворно разрабатывали проблемы иммунологии (Г.П. Сахаров описал феномен сывороточной анафилактической реакции, развивающейся в ответ на воздействие чужеродного белка: феномен Артюса–Сахарова), эндокринологии, онкологии, методологические аспекты патологии и истории медицины.

В 1933–1945 гг. проф. С.С. Халатов и его коллеги по кафедре опубликовали три издания учебника по патофизиологии для медицинских вузов. В 1933 г. в I Московском медицинском институте (I ММИ) им. И.М. Сеченова (организованном в 1930 г. на базе медицинского факультета Московского университета и отделившемся от него в самостоятельное учебное заведение) по инициативе проф. С.С. Халатова и его ученика С.И. Чечулина при кафедре патофизиологии была организована первая в России Центральная научно‑исследовательская лаборатория (ЦНИЛ). Целью ЦНИЛ являлось теоретическое и методическое руководство, а также создание экспериментальной базы по разработке медицинских проблем совместными силами клиницистов и патологов. С этого времени практически все крупные научные работы клиницистов (в том числе и диссертационные) включали патофизиологическую разработку клинических проблем. Проф. С.С. Халатов рассматривал патофизиологию как основную теоретическую дисциплину, формирующую естественнонаучную базу для понимания клинической патологии и ведения практической деятельности врача.

Проф. С.С. Халатов был руководителем и автором оригинальных исследований роли холестерина в развитии атеросклероза. Результаты их учитываются и в современных концепциях патогенеза атеросклероза. Свою точку зрения по этой проблеме проф. С.С. Халатов изложил в монографии «Холестериновая болезнь в её патофизиологическом и клиническом значении» (1946).

С 1943 г. ассистент В.А. Неговский проводил на кафедре разработку методов оживления организма. По материалам исследований В.А. Неговский опубликовал книгу «Опыт терапии состояния агонии и клинической смерти в войсковом районе» (1945). За эту работу был награжден орденом Красной Звезды. Позднее проф. В.А. Неговский организовал первый в стране Институт реаниматологии, ставший главным в разработке методов восстановления жизнедеятельности организма.

В годы заведования кафедрой проф. С.М. Павленко (1947–1976) и проф. Н.И. Лосевым (1976–1990), проводилась методическая и организационная работа по дальнейшему развитию клинико‑экспериментального направления в медицинских научных исследованиях, а также в преподавании патофизиологии. В эти годы были опубликованы методические указания (руководства) к практическим занятиям по патофизиологии, созданы современные учебные программы по патофизиологии и общей патологии для медицинских и фармацевтических вузов страны (1984, 1987, 1990).

Проф. С.М. Павленко совместно с руководимым им коллективом кафедры разрабатывал научные проблемы роли реактивности и сенсибилизации в развитии патологии, учения о саногенезе и предболезней. Он был инициатором создания и первым руководителем Всесоюзного (сейчас Российского) научного общества патофизиологии.

В настоящее время на кафедре разработана и практически реализуется концепция системного, многоуровневого преподавания патофизиологии в медицинских вузах:

1) базисного — на III курсе обучения;

2) цикла «Клиническая патофизиология» (посвящённого изучению наиболее распространённых у человека патологических синдромов) на выпускном курсе;

3) цикла «Клиническая патофизиология» в системе послевузовской специализации врачей (интернов, клинических ординаторов, аспирантов), целью которого является изучение патофизиологии наиболее распространённых у человека болезней.