Февраля 1939 в городе состоялась 7-я районная партконференция, первым секретарём избран Вялков Иван Васильевич, вторым Пантелеев Иван Иванович и третьим Гладких Мария Николаевна.

В городе открыт совхозно –колхозный театр ( закрыт в июне 1941)

В июне заложен сад вокруг средней школы № 1 по инициативе директора Н.П.Комарова с учениками.

В этом году впервые отправлены передовики колхозов на ВДНХ. 24 декабря создан городской Совет депутатов трудящихся Архангельской области.

Марта 1940 в городе состоялась 8-я районная партконференция, первым секретарём избран Вялков Иван Васильевич, вторым избран Гусев Дмитрий Константинович и третьим Гладких Мария Николаевна.

С 5 ноября 1940 открыта средняя школа № 2 на территории лесозаводов 32-33; директор Гужов Александр Дмитриевич ( 1940 -1943), последующие годы школу возглавляли: Вересовая ( Савина) Анна Степановна (1943 -1947), Харюшин Алексей Михайлович( 1947 -1951), Назарова ( Галасьева) Инна Михайловна( 1951 -1956),Андронов Леонид Фёдорович ( апрель –август 1956, затем переведен в школу № 1), Соколова Кираслава Георгиевна( 1965 -1975),Митько Валентин Филиппович( 1975),Ушакова Галина Григорьевна( 1975 -1992),Мартышев Игорь Андреевич( 1992 -2002), Прохорова Антонина Петровна( 2002 -2004), Алиева Анна Евгеньевнаработает с 8 января 2004 года по настоящее время.

22 июня 1941 началась Великая Отечественная война, в которой онежане приняли активное участие( призвано военкоматом 11 917 человек, погибли, умерло и пропали без вести более 4770 человек). Среди онежан 6 человек были удостоено высокого звания Героя Советского Союза: Козлов Никита Иванович, Пешков Александр Иванович, Манкевич Валентин Ипполитович, Катарин Геннадий Иванович, Шабалин Александр Осипович ( дважды), .Шестаков Архип Андреевич. Многие онежане награждены орденами и медалями.

10 сентября 1941г. в городе открыт госпиталь № 2754 . При штатных 900 койках к маю 1942 года было развернуто 1500 коек. С 10 сентября 1941 по 1 июля 1945 год в госпиталь поступило 5 860 раненых и 1019 больных. Госпиталь возглавил военврач 1-го ранга Л.А.Шептунов и опытный хирург Н.П.Ушин, работали врачи: Зинаида Васильевна, ..Лучинская, Зинаида .Ивановна. Щукина, П.М.Васендина, Любовь .Михайловна .Плюснина, З.Н.Троицкая и др., а также медсестры, санитарки, технички, кухонные работники, прачки –работали преимущественно местные женщины, которые шли в госпиталь по зову сердца, чтобы как-то помочь в борьбе с врагом. Все работали, не считаясь со временем, без выходных и отпусков. Рабочий день длился до 10 часов. Госпиталь расформирован в июле 1945 году.

20 ноября 1941 года в город пришёл первый поезд..

В октябре 1942 сдана в эксплуатацию железнодорожная ветка с примыканием 243 км. до г. Онеги и до конца лесозаводов 32 -33.

Декабря 1942 году состоялась в городе 9-я районная партконференция, первым секретарём избран Марков Алексей Александрович, Гусев Дмитрий Константинович, третьим Подоплекин Даниил Андреевич.

24 января 1943. горожане собрали средства на постройку эскадрильи самолётов и танковой колонны. В этом году большой вклад внесли работники Онежского леспромхоза, который был награждён переходящим Красным Знаменем ВЦСПС и Наркомлеса. Леспромхоз в лице директора Петра Дмитриевича Малыгина поздравил нарком лесной промышленности СССР тов. Салтыков. Директор и начальники лесопунктов награждены знаком «Отличник соцсоревнования Наркомлеса СССР» 17 октября в городе проведен воскресник, на нём работали 1445 человек, заработанные средства 6 379 руб. были переданы в фонд помощи пострадавшим детям от немцев. В годы войны в городе работал водочный завод, который в октябре досрочно рассчитался по займу и выполнил соцобязательство.

В апреле 1944. снова было возобновлено строительство гидролизного завода, директор строящего завода Ивакин Павел Иванович, с июня 1947 продолжил Звякин Аркадий Павлович. В этом году за выполнение планов по заготовке древесины за сентябрь и октябрь леспромхоз награждён Красным Знаменем ГКО и премией. 29 октября снова проведён воскресник, участвовало 1097 чел., средства перечислены в фонд семьям военнослужащим.

В 1944 году в Онежской больнице были развернуты терапевтическое отделение на 25 коек, хирургическое отделение на 25 коек, родильное отделение на 20 коек, заразное отделение на 35 коек и детское незаразное отделение на 15 коек.

В ХХ1 веке терапевтическое отделение развернуто на 60 коек, в том числе 5 кое дневного стационара. Ежегодно получают лечение около 2000 пациентов. Медицинский персонал отделения уделяет большое внимание реабилитации больных после тяжелых заболеваний, открыв в отделении специально оборудованную палату реабилитации. В разные годы отделением заведовали врачи –терапевты: Ступников С.А., Васендина П.М., Мищенко Н.П., Деменьтева Г.П., Шаратинов В.Н,, Листов А.В,. Савина А.И, и с 1995 года возглавляет врач –терапевт высшей квалификационной категории – Листова Елена Ивановна. Старшими медицинскими сестрами работали: Фролова Н.Г,. Туфанова В.А,. Казайкина С.А,. Перепелица О.А. С 1990 года работает Туфанова Вера Аверьяновна; сестра –хозяйка Притчина Татьяна Валентиновна Сестрами –хозяйками трудились: Харина Р.И., Рассказова Л.А,. Швецова В.Б., Каменева В.Л., Крюковская З.Д. Долгие годы в отделении работали медсестрами- Соболева Ю.И., Войнова А.Г.