Вирусные онкогены и контролирующие клеточный цикл и пролиферацию клеточные гены имеют как сходство, так и важные отличия. В связи с этим говорят о протоонкогенах и онкогенах.

Протоонкоген представляет собой ген нормального генома человека. Он участвует в регуляции процесса пролиферации клеток. Продукты экспрессии протоонкогена во многих случаях важны для нормальной дифференцировки клеток и межклеточных взаимодействий. В результате соматических мутаций протоонкоген может стать онкогенным. В этом случае кименипротоонкогена может быть добавлена приставка с- (от cellular клеточный), вирусные гомологи маркируют приставкой v- (от viral вирусный).

Онкоген – один из генов, который в обычных условиях (т.е. в норме в качестве протоонкогена) кодирует белок, обеспечивающий пролиферацию и дифференцировку клеточных популяций (протеинкиназы, ГТФазы, ядерные белки, факторы роста). Так, ген c‑erbB кодирует рецептор фактора роста эпидермиса, а ген erbA — рецептор стероидных гормонов. У опухолевых ДНК-вирусов онкогены кодируют нормальные вирусные белки; онкогены, однако, могут спровоцировать – в случае их мутаций или активации ретровирусами – злокачественный рост.

Идентифицировано множество онкогенов (например, ras [опухоли мочевого пузыря]; p53 , мутантный ген хромосомы 17 (нормально принимает участие в репарации вызванных ультрафиолетом генных дефектов). Мутации гена p53 ассоциируют с развитие рака молочной железы, шейки матки, яичника, лёгкого;ген RET важен для морфогенетических процессов в эмбриогенезе, экспрессируется в озлокачествлённых С‑клетках (продуцирующих кальцитонин) щитовидной железы, клетках феохромоцитомы. Малигнизирующие эффекты онкогенов могут быть усилены ретровирусами, так называемыми прыгающими генами, а также мутациями.

Онкогены найдены в некоторых ДНК-содержащих опухолевых вирусах. Они необходимы для репликации вируса (трансформирующий ген).

К онкогенам относятся также гены вируса или ретровируса, вызывающие злокачественную трансформацию клетки‑хозяина, но необязательные для репликации вируса.