Вслед за выборами в Федеральное собрание были проведены выборы в местные законодательные собрания и Думы, созданных вместо распущенных советов.

Согласно Конституции Россия являлась Федеративной демократической Республикой с президентской формой правления. Президент являлся гарантом Конституции, главой государства, Верховным главнокомандующим. Он назначал правительство страны, которое имело ответственность только перед Президентом, Президент обладал правом отлагательного вето, издавать Указы, имеющие силу Закона. Президент имел право роспуска Думы, в случае троекратного отклонения ею кандидатуры премьер-министра, предложенной Президентом.

Права Государственной Думы были значительно меньше по сравнению с полномочиями распущенного Верховного Совета и ограничены функцией принятия законов. Депутаты потеряли право контроля над деятельностью административных органов (право депутатского запроса). После принятия Думой закона он должен быть утвержден Советом Федерации – второй палатой Федерального Собрания, состоящей из руководителей местных законодательных органов и глав администрации субъектов Федерации. После этого закон должен быть утвержден Президентом и только после этого считался принятым. Дума наделась рядом исключительных прав: утверждать бюджет государства, объявлять амнистию и импичмент президенту, утверждать кандидата на пост премьера, однако в случае трехкратного отклонения она должна распускаться.

В январе 1994 года новое Федеральное Собрание начало свою работу. Понимая, что в условиях конфронтации невозможна нормальная деятельность, депутаты и президентские структуры вынуждены были пойти на компромисс. В феврале 1994 года Дума объявила амнистию участникам августовских (1991) и октябрьских (1993) событий. Амнистировались все, кто совершил противоправные действия, как с одной, так и с другой стороны. В апреле–июне 1994 года принят меморандум о гражданском мире и общественном согласии, подписанный всеми думскими фракциями, большинством политических партий и движений России. Подписание этих документов способствовало прекращению гражданского противостояния в обществе.

Президенту так и не удалось получить поддержки радикального экономического курса, что и обусловило некоторую его корректировку. Из правительства были удалены сторонники радикальных преобразований Е. Гайдар и Б. Федоров.